차라투 블로그
Shiny 환자데이터 입력웹 개발
삼성서울병원 심혈관중재실과 개발 중인 shiny 환자데이티 입력웹 개발 현황을 공유합니다. 본 내용은 Zarathu가 후원하는 Shinykorea 4월 밋업에서 발표할 예정입니다.
코로나 수리모델링: 서울시 감염병연구센터 자문
서울시 감염병연구센터 자문으로 코로나 수리모델링을 수행한 경험을 정리했습니다. 본 내용은 2월 Shinykorea 밋업에서 발표할 예정입니다.
생존분석 실습
Kaplan-meier curve, 비례위험가정 확인, Time-dependent analysis 그리고 모수적 생존분석을 중심으로 R 코드를 정리했습니다. 본 내용은 성균관의대 사회의학교실 특강에서 실습할 예정입니다.
RStudio & Shiny Docker 소개
RStudio와 Shiny-server 가 포함된 Docker image 이용, 새로 서버 구축할 때마다 재설치하는 번거로움을 없앴습니다. 본 내용은 Shinykorea 10월 밋업에서 발표할 예정입니다..
의학통계지원 소개
차라투 업무 소개입니다. 본 내용은 영남대학교 "의사과학자 역량 배가 프로젝트" 에서 발표할 예정입니다.
메타분석 웹 개발 후기
메타분석 ShinyApps 만든 후기를 정리하였습니다. 본 내용은 Shinykorea 8월 밋업에서 발표할 예정입니다..
회귀분석 in 의학연구
의학 연구에서 사용하는 선형/로지스틱 회귀분석과 Cox 비례위험모형을 소개합니다. 본 내용은 삼성서울병원 정신건강의학과 교육에 이용될 예정입니다.
의학 연구에서의 기술통계
의학 연구에서 Table 1 에 활용되는 기술통계를 정리하였습니다. 본 내용은 삼성서울병원 정신건강의학과 교육에 이용될 예정입니다.
2020년 만들었던 ShinyApps
올해 만들었던 ShinyApps 를 간단히 정리하였습니다. 본 내용은 6월 shinykorea 밋업에서 발표할 예정입니다.
R 데이터 매니지먼트 최근: tidyverse
%>% 연산자와 dplyr 패키지를 중심으로, 최근 R 문법 트렌드인 tidyverse 스타일을 정리했습니다. 본 슬라이드는 서울대병원 진단검사의학과 선생님들의 교육에 쓰일 예정입니다.
R 데이터 매니지먼트: 기초
R 기본 문법과, 보험공단 샘플 데이터를 이용한 데이터 매니지먼트 방법을 정리하였습니다. 본 내용은 서울대병원 진단검사의학과 선생님들의 교육에 쓰일 예정입니다.
TokyoR 81회 리뷰
일본 R 밋업 중 하나인 TokyoR 중 shiny 특집을 리뷰하였습니다. 본 내용은 차라투가 후원하는 Shinykorea 3월 밋업에서 발표할 예정입니다.
R로 만드는 웹 애플리케이션
R과 shiny로 웹 애플리케이션을 만든 경험을 소개합니다. 본 내용은 디시인사이드가 후원하는 프로그래밍 갤러리 컨퍼런스 2020 에서 발표할 예정입니다.
RSelenium 이용 팁
RSelenium 으로 웹크롤링을 하면서 얻은 팁을 공유합니다. 본 내용은 Zarathu가 후원하는 Shinykorea 1월 밋업에서 발표할 예정입니다.
의료 데이터분석가 성장기: 동국대학교 의생명공학과 세미나
의료데이터 분석가가 되기까지의 경험을 슬라이드로 공유합니다. 본 내용은 동국대학교 의생명공학과 세미나에서 발표할 예정으로, 초청해주신 김진식 교수님께 감사드립니다.
Shiny 워크샵: 서울IT직업전문학교 국비교육
Shiny 기초학습을 위한 강의 슬라이드와 실습파일입니다. 본 내용은 "서울IT직업전문학교 빅데이터 사이언스 실무자 양성과정" 에서 쓰일 예정입니다.
RUCK2019 발표: From ShinyApps to CRAN
맞춤형 의학연구 앱을 만들고, 그것을 패키지로 만들어 CRAN에 배포한 경험을 슬라이드로 정리하였습니다. 본 내용은 R User Conference in Korea 2019(RUCK 2019)에서 발표하였습니다.
R 이용 공공빅데이터 분석 경험
R을 이용, 공단/심평원 빅데이터와 국건영 자료를 분석한 경험을 슬라이드로 정리하였습니다. 본 내용은 을지의대 학술원 특강에서 발표할 예정입니다.
ShinyApps 에 로그인 기능 넣기
Shiny 의 로그인 기능 추가방법을 리뷰하고, useR! 2019 에서 소개된 shinymanager 패키지 사용법을 설명하였습니다. 본 내용은 Zarathu가 후원하는 Shinykorea 9월 밋업에서 발표할 예정입니다.
선형모형의 다차원공간으로의 확장(2): 허수축 도입
이전 글 "선형모형의 다차원공간으로의 확장" 의 추가 제안으로, 선형모형의 무대를 허수축(Imaginary Axis)을 포함한 휘어진 다차원공간으로 확장, Inverted U-shape 관계를 선형관계로 재해석하였습니다.
괴델의 불완전성 정리
괴델(Kurt Gödel)의 불완전성 정리가 나온 배경을 소개하고 증명의 핵심 아이디어를 수학과 메타수학(meta-mathematics), 괴델수(Gödel number), 그리고 메타수학의 수학화 3가지로 나누어 설명하였습니다. 본 내용은 "제주대학교 경영정보학과 산업·직무 특화 전문가 특강" 에서 발표할 예정입니다.
R 활용 맞춤형 통계지원 소개
의학연구를 지원하면서 다양하게 R을 활용했던 경험을 슬라이드로 정리하였습니다. 본 내용은 을지의과대학교 5월 EMBRI 세미나와 CRScube 6월 세미나에서 발표할 예정입니다.
Shiny 활용 의학연구지원 경험
Shiny와 R Markdown을 활용, 의학연구를 지원했던 경험을 슬라이드로 정리하였습니다. 본 내용은 차라투(주)가 후원하는 Shinykorea 5월 밋업에서 발표할 예정입니다.
세무기장마법사 머니핀(MoneyPin) 리뷰
법인 설립 후 세무기장 앱 머니핀(MoneyPin)을 활용, 직접 세무/회계를 처리하였습니다. 3월말 법인세까지 납부하면서 한 사이클을 경험했다고 생각하여 후기를 공유합니다.
ShinyApps를 R 패키지로 만들기
개인 PC에서 직접 ShinyApps를 이용할 수 있도록, RStudio Addins을 포함한 R 패키지를 만들어 CRAN에 배포신청했으나 실패한 경험을 정리하였습니다. 본 내용은 Anpanman이 후원하는 Shinykorea 2월 밋업에서 발표할 예정입니다.
Self-controlled case series
성균관의대 사회의학교실 주관 가습기 살균제 연구 세미나에 참석, 자기 자신을 대조군으로 이용하는 연구 방법론 중 하나인 self-controlled case series (SCCS)를 리뷰하고 R로 실습을 진행할 예정입니다. 강의 슬라이드를 미리 공유합니다.
R Markdown 기초
YAML Header, 마크다운(Markdown) 텍스트, R 코드 청크(chunk) 그리고 그림과 테이블을 중심으로, R 코드와 분석 결과가 포함된 문서를 작성하는 방법을 정리하였습니다.
R 데이터 매니지먼트: tidyverse
파일을 읽는 readr, 읽기 쉬운 코드를 만드는 %>% 연산자, 데이터를 다루는 dplyr 그리고 반복문을 다루는 purrr 패키지를 중심으로 tidyverse 생태계에서 데이터를 다루는 방법을 정리하였습니다.
진료실 밖 의사로서의 경험
성균관의대 "의사의 길" 학부 강의에서 진료실 밖 의사로서의 경험을 의대생들과 공유할 예정입니다. 발표 슬라이드를 미리 공유합니다.
의학 연구에서의 기술 통계 with R
중앙보훈병원 정신건강의학과에서 강의한 내용으로, 의학 연구에 필요한 기술 통계(descriptive statistics)를 정리하고 웹 애플리케이션과 Rstudio Addins을 이용하여 실습하였습니다.
선형모형의 다차원공간으로의 확장 (Linear Model in Multidimensional Space)
아인슈타인의 일반상대성이론은 태양 근처에서 빛이 휘어지는 현상을 빛이 아닌 시공간이 휘어지는 것으로 해석합니다. 비슷한 아이디어를 통계학에 적용하여 U-shape 관계를 휘어진 다차원 공간에서의 선형모형으로 재해석하였습니다.
New Scale Measure of Heritability in Binary Trait Using Median Odds Ratio: Median OR Ratio
유전율(heritability)은 어떤 형질의 유전적인 측면을 정량적으로 설명하는 유용한 지표이나 이분형 형질의 경우 해석이 어렵습니다. 이 때는 Sibling recurrence risk가 직관적인 지표이나, 유병률 정보가 필요하고 다른 변수의 보정이 어려운 문제가 있습니다. 본 연구에서는 흔히 쓰는 OR scale을 이용, 이분형 변수에서 직관적이고 다른 변수의 보정도 가능한 유전율 지표를 제안합니다.
Redefine Null Hypothesis
P value의 가장 큰 문제는 샘플 숫자만 늘리면 아무리 작은 차이라도 유의미한 결과로 만들 수 있다는 것입니다. 이는 대부분의 연구에서 차이가 정확히 0이라는 비현실적인 귀무가설을 사용하기 때문에 생기는 문제인데, 실제 차이가 정확히 0이라고 생각하는 사람은 아무도 없으며 아무도 주장하지 않는 것을 반박해 봐야 유용한 결론을 얻지 못합니다. 본 연구에서는 귀무가설에 uncertainty 개념을 추가하여 가설검정방법을 재정의하였습니다.
맞춤형 의학연구 애플리케이션을 위한 개발 환경 구축
R User Conference in Korea 2018(RUCK 2018)에서 발표했던 내용입니다.
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